1165 erwarb Hildegard von Bingen ein aufgegebenes Augustiner-Doppelkloster, das auf der gegenüberliegenden Rheinseite in Eibingen bei Rüdesheim lag. Sie ließ die teilweise zerstörten Bauten wiederherstellen und die Kirche erneut weihen. Schon kurze Zeit später konnte das Kloster, das für etwa 30 Schwestern Platz bot, besiedelt werden. Bis sie 1179 starb, überquerte Hildegard zweimal pro Woche den Rhein, um auch dort ihre Aufgaben als Äbtissin zu erfüllen. Über das Aussehen dieses romanischen Baus ist praktisch nichts bekannt. 1802 wurde das alte Eibinger Kloster aufgehoben und im Rahmen der Säkularisation 1814 geräumt. Als die Eibinger Gemeinde das Kloster 1831 erwarb, war bereits ein Großteil der Anlage des 17. und 18. Jahrhunderts abgerissen. Die ehemalige Klosterkirche wurde fortan als Pfarrkirche des Ortes genutzt.

Seit 1660 wurden in der Kirche Hildegards Reliquien aufbewahrt. In Folge der Säkularisation des Klosters gelangten sie zunächst in die Hände verschiedener Personen, wurden aber nach der erneuten Weihe wieder der ehemaligen Klosterkirche übergeben. 1852 bis 1857 untersuchte Pfarrer Ludwig Schneider die Gebeine und 1857 erkannte der Limburger Bischof Peter Blum ihre Echtheit an. Seit jenem Jahr findet am Todestag Hildegards, dem 17. September, das Hildegardis-Fest mit einer feierlichen Prozession statt, bei der die Reliquien durch die geschmückten Straßen Eibingens getragen werden. 1929 ließ man für sie ein neues kunstvolles und würdiges Behältnis anfertigen, den Hildegardis-Schrein. Heute ist das Reliquiar im Chorraum der Pfarrkirche aufgestellt

Aus ungeklärter Ursache brannte die Kirche 1932 bis auf die Grundmauern nieder. Nur wenige Gegenstände, wie der Hildegardis-Schrein, konnten aus den Flammen gerettet werden. Bis 1935 wurde die Pfarrkirche in ihrer heutigen Form wiedererrichtet. An der Südostecke des Gebäudes wurde 1957 eine Hildegard-Skulptur eingefügt, die an die erste Wallfahrt im Jahr 1857 erinnern soll. Im Innenraum fällt besonders das Altarbild auf, das die Heilige Dreieinigkeit gemäß einer bildlichen Vorlage aus dem Eibinger Scivias-Kodex darstellt, sowie die sechs „Eibinger Fenster“. Sie zeigen in surrealistischer Form Bilder aus der Heilsgeschichte und beziehen sich ebenfalls auf Visionen Hildegards. Auf drei weiteren Fenstern wurden 21 Heilpflanzen aus Hildegards natur- und heilkundlichem Werk abgebildet. Seit 2002 kümmert sich eine Schwester der Abtei St. Hildegard um die Pilger in Eibingen, wodurch nun wieder eine ganz konkrete Verbindung zwischen dem alten und dem neuen Kloster in Eibingen besteht.